O Museu de Portimão recebeu os seguintes prémios:
- Prémio “Museu Conselho da Europa 2010”, atribuído pelo Conselho da Europa;
- Prémio “DASA – Mundo do Trabalho 2011”, primeira edição deste prémio atribuído na cidade de Dortmund, na Alemanha;
- Menção Honrosa na categoria “Melhor Museu Português”, pela Associação Portuguesa de Museologia, em 2008.
